Le traitement naturel contre le botrytis consiste à retirer soigneusement les parties atteintes, et à bien désinfecter l'outil de coupe. La décoction d'ail est efficace sur cette maladie, il faut la pulvériser le soir, et renouveler l'opération 8 jours plus tard. La bouillie bordelaise est également efficace en dernier recours. Pour prévenir le botrytis, il est essentiel de favoriser une bonne circulation de l'air, d'espacer suffisamment les rangs de plantes, d'intercaler de l'ail entre les plantes sensibles, et d'éviter les apports excessifs d'azote. Il est également important de maintenir une bonne aération des serres et des châssis, et de prendre garde à la survenue d'autres maladies ou d'attaques de parasites. Arroser de préférence tôt le matin peut aider à éviter un excès d'humidité, et il est conseillé de désherber à proximité immédiate des plantes pour éviter que les fruits ne soient en contact direct avec le sol. Enfin, quand les conditions de développement sont favorables, pulvériser tous les 15 jours du purin de prêle riche en silice dilué à 10 % peut aider à prévenir la maladie.