Le drainage, comme d'autres projets, peut conduire à la disparition des zones humides, qui jouent un rôle très favorable pour la qualité de l'eau, le maintien de la biodiversité et la gestion des inondations.
Le drainage de parcelles agricoles est soumis à déclaration au titre de la loi sur l'eau entre 20 et 100 ha et à autorisation pour des surfaces supérieures ou égales à 100 ha.
Tout projet qui peut conduire à l'assèchement, la mise en eau, l'imperméabilisation ou le remblai de zones humides ou de marais relève également de la loi sur l'eau.
Pour les parcelles et les points de rejet situés en zone Natura 2000, tout drainage de plus d'un hectare est soumis à une évaluation préalable des incidences Natura 2000.
Une autorisation spécifique doit donc être obtenue même si le projet n'est pas soumis à la loi sur l'eau.
Pour les parcelles situées en zone Natura 2000, l'évaluation préalable des incidences Natura 2000 doit être réalisée pour tout projet qui concerne au moins 0,01 ha de zone humide.