Les micro-organismes, qui se multiplient dans les biodéchets peuvent, pour certains, avoir des effets sur la santé (troubles digestifs, allergies…). Des nuisances pouvez également être occasionnées par des animaux attirés par les biodéchets, comme les rats, les oiseaux, les insectes…. En dégradant les déchets, les micro-organismes produisent des gaz potentiellement dangereux comme l'ammoniac (NH3), le dioxyde de carbone (CO2), le sulfure d'hydrogène (H2S), le méthane (CH4)…. Ces gaz peuvent provoquer notamment des irritations, des troubles respiratoires et être à l’origine d’atmosphères favorisant le risque d’incendie-explosion. A cela s’ajoutent les risques mécaniques liés aux machines implantées chez les producteurs (sécheurs, déshydrateurs, compacteurs…) et les centres de valorisation (déconditionneurs, convoyeurs…), les risques de chute sur des sols rendus glissants par des biodéchets mal conditionnés et les risques de troubles musculosquelettiques pouvant être occasionnés par la manutention des conteneurs. En effet, les biodéchets, composés pour 75 % d'eau, sont beaucoup plus lourds que les déchets ménagers tout venant. Une vigilance particulière doit être portée sur les mesures de prévention liées aux installations mécaniques (sécheurs, cuves de stockage…) implantées chez des producteurs qui ne sont pas coutumiers des risques qu'elles peuvent engendrer (risques mécaniques et risques liés aux atmosphères confinées).